По проекту каркасный дом будет стоять на винтовых сваях.
Надежный ли это фундамент для двух этажей? 

Вполне, это вообще очень надежный фундамент, тем более для
каркасного дома. Не зря же его используют на проблемном
грунте. Возьмите качественные сваи https://zavod-vintovy
h-svaj.ru/, а лучше закажите сразу монтаж, чтобы все
сделали специалисты.